歷史背景及本所發展過程
本所碩士班成立於西元2000年，初設時有農藝與園藝二個學門，在西元2002年本校園藝系設立碩士班之後，本所招收之碩士班學生就完全以農藝學背景為取向。
在西元2004年本所成立博士班之後，碩士班教學重心開始逐漸移轉給本校農藝系，至2006年08月碩士班乃停止招生，農藝學背景之學生改由同年新設之農藝系碩士班接續辦理教學研究等工作。本所並開始投注全力在博士班的教學改進及規模擴增上。
本所博士班在2004年初創時，招收植物學門博士生三名，2005年增為六名，其中已有一名學生為動物學門專長，隨著招生規模逐漸增加及常規化，2006年第三屆招生時已接受農藝、園藝、森林、林產科學、動物科學、獸醫學等領域學生報名。2007年並規劃在原有架構之下另增加農業生物技術領域名額，2021年再增加景觀及植物醫學2個領域，如此本所博士班教學研究已涵括農學院各學系，建立起農學領域高等專業教育進修完整之管道。並且形成是農學院重點教學單位。
本研究所在推廣進修教學方面另設有在職碩士專班，一直是以招收農、園藝學門學生為辦學重心。2006年因為農學院組織調整，在本所開辦在職碩士專班林學組一班，招收森林及林產科學領域在職學生進修碩士學位。惟為顧及教學之專業化，預定在2007年將招生工作移轉給本校森林暨自然資源學系辦理。
本所碩士班階段性的任務已接近完成，多年來在相關領域內訓練了許多作物栽培或作物改良之專門性技術人員，進而解決農業生產相關問題。放眼未來本所將致力於博士班的教學改善工作，期望訓練農學領域裡不同專長的動、植物專業學者，發揚光大本校傳統農學教育悠久之歷史，並為台灣農業發展及進步奠定新的里程碑。
99學年度起正式獲准由本校原農學研究所博士班更名改設農業科學博士學位學程，以專注致力於農業科學相關領域博士生之招收與培訓，原農學研究所碩士在職專班之相關事務移交由本校農藝學系賡續辦理。
本學位學程由本校農學院統籌農藝學系、園藝學系、森林暨自然資源學系、木質材料與設計學系、動物科學系、農業生物科技學系，景觀學系，植物醫學系及獸醫學院獸醫學系等9個相關系所助理教授級以上專任教師與教學研究相關資源共同支援設立，由院長兼任學位學程主任，並聘任專任教師一名擔任特別助理，協助各項學位學程事務。以期能更有效率的整合農學院資源，辦理農業科學9大相關領域博士生之培育，本學程每學年招生名額7名，各領域以1名為原則。
本學位學程依據國家農業政策、社會潮流、學校特色及學生未來出路之多元考量，擬定發展方針與系所特色，並以兼顧「科技發展」和「產業連結」為重點，落實以學生為本體之辦學思維，不但能具體樹立學生的專業學習目標，更有助於確保學生學習成效之達成。因此，本學程在建構「提供學生一個優質學習環境」之目標所採取的具體作為，是以培訓學生兼具「農業科學理論基礎」與「專業應用技術」為目標，經由考核學生在發掘問題、獨立思考和撰寫論文等方面的核心能力，達成確認學生的學習成效與教師之教學研究績效；至此，學生將可依個人生涯規劃，繼續投入學術研究、參加公職考試或從事農業生物相關產業之發展與就業。
依循本學位學程前身之國立嘉義大學農學研究所於96年度大學院校系所評鑑認可通過之績效表現，並配合「財團法人高等教育評鑑中心基金會」預計展開的第二週期系所評鑑計畫，本學程將針對擬訂學生學習成效評估機制，以確保學生學習成效之目標，彙整本學程前身農學研究所博士班96、97、98學年度及本學程99、100和101學年度第一學期之相關資料接受評鑑。並分別依「目標、核心能力與課程設計」、「教師教學與學習評量」、「學生輔導與學習資源」、「學術與專業表現」、「畢業生表現與整體自我改善機制」等五個項次進行自我評鑑，也在各項次的自評過程獲致具體改善策略與建立未來目標。
辦學理念
本學位學程期望能整合農學院各系之教學研究資源，建構更高階之專業進修管道，使農學院的教研水準日益精進。
在理論與實務的雙重教學導向目標下，以加強農業新興科技的應用研發，培育出因應二十一世紀政府發展農業高科技所需之人才。
師資陣容
由本校農學院統籌農藝學系、園藝學系、森林暨自然資源系、木質材料與設計學系、動物科學系、農業生物科技學系，景觀學系，植物醫學系及獸醫學院獸醫學系等系所助理教授級以上專任教師與教學研究相關資源共同支援設立。
辦公室
由農學院院長兼任學程主任，並聘任專任教師一名擔任特別助理兼學程承辦人相關事務，農學院辦公室內聘任一位學程助理協助學程各項事務。
成果與願景
本學位學程於99學年度起自原農學研究所獨立更名，不但具體回應第一週期系所評鑑諸多委員共同的專業意見，也是在農學院整體為使本學程發展更臻健全，並再一次成長、精進、成立各系博士班，將是本學程在未來經營努力的重要政策。
發展目標
初設階段(原農學研究所博士班 93~98)：專辦博士班。
現階段與未來發展(99~)：促進各組所屬系所之教研發展，使能於各系所獨立增設博士班。