歷史沿革
本系大學部於民國89年，由當時的嘉義師範學院、嘉義技術學院兩校體育師資合併成立國立嘉義大學體育學系；碩士班（體育與健康休閒研究所）於民國92年開始招生，而體育系碩士在職專班於民國100年開始招生。後因配合學校政策進行系所整併，因此配合更名為體育與健康休閒學系(含碩士班)。目前大學部、進修學士班、碩士班、碩士在職專班各有一班。
本系宗旨在於培養學生具備體育教學的專門知能與專業精神之外，亦發展運動休閒產業與樂齡運動指導與健康的專業知能，藉由系課程模組的架構與設定，期盼學生能成為國民中小學優秀體育教師或學校運動團隊之教練專業人員；培養運動休閒產業之專業管理人才，強化學術理論與實務知能的相互結合；發展樂齡運動健身教練之指導技巧與運動方案設計，協助高齡者擁有更佳的生活品質。
本系碩士班宗旨在於培養具有專業化之研究與實務並重之體育與健康休閒專業人才，強調多元化之課程設計，提升專業成長，並加強國際學術交流，促進運動科學、休閒管理及教育研究發展，進而培養各類體育運動專業人才。
教育目標
一、大學部
1. 培養具備小學體育之專業能力的師資
2.培養體育專業人才
3.培養教育專業基礎人才
4.培養具備運動保健與體適能指導人才、樂齡運動指導員
5.運動休閒管理能力人才
6.培養體育運動學術研究的先備人才。
二、進修學士班
本系提供各機構體育從業人員在職進修管道及優秀運動員學術並重之教育環境，培養富有運動潛力之專業運動員，除優秀選手的訓練以提高運動成績之表現外，更提供優良的學習環境，重視體育領域專業知能的傳授，注重理論與實務的配合，以培養各領域體育專業之人才。
三、碩士班(含碩士在職專班)
碩士班的目的在於培養專業化研究與實務並重之運動科學、運動休閒、運動教育之專業人才，強調多元化之課程設計，提升專業成長，並加強國際學術交流，促進運動科學與休閒教育研究發展，並滿足社會需求，培養各類體育運動產業人才。
師資陣容
本系112學年度，現有專任教師共18位、教授5位、副教授8位、助理教授4位、講師2位；具有博士學位教師9名、碩士學位教師9名。
重要設備及研究室
現有收藏豐富之專業圖書、期刊和教學錄影帶，同時擁有各種資料庫檢索系統，提供教學和研究之用。此外，尚有運動生理暨全人健康實驗室、人體運動表現實驗室、肌肉骨骼生物力學與感知運動控制實驗室、運動心理暨運動教學研究室、高齡健康促進研究室及運動休閒暨觀光研究室。
發展方針及特色
一、大學部
本系培育中小學健康與體育領域之師資。一方面培養學生瞭解國小學童的能力與需要，具備體育教學的專門知能與專業精神，以期成為國民小學優秀體育教師或體育專業人員；另一方面藉由體育運動專業課程，以發展學生從事運動教練或運動管理之能力。並起提供樂齡運動指導與健康、運動休閒管理學程及運動科學與訓練學程作為第二專長，培養具運動休閒產業、樂齡運動指導與健康及運動教練與研究的專業知能。
1. 本系課程在體育專業課程中納入教育學分，培養具備運動專業知能及國民中小學體育師資資格。
2. 藉由體育運動專業及運動與健康促進、運動與休閒管理三大領域，培養具運動保健與體適能指導人才、運動管理能力人才等。
3. 本學系學生可修讀跨領域學程或微學程，以獲得多元專長能力。
4. 本系學生可參加本校師資培育中心舉辦中等學校師資類科之資格之甄選，修讀國中健康與體育學習領域(體育主修專長)、高中職體育之課程。
5. 本系兼具學科及術科之學習，且有銀髮健康輔導跨領域學程之課程，以因應現代高齡化社會需求。
6. 本系提供樂齡運動指導與健康學程、運動休閒管理學程及運動科學與訓練學程作為第二專長，因應就業市場之多元化。
二、進修學士班
本系主要目的在培養運動教練以及運動產業人才，教學重點兼重學科與術術，使學生具備體育學專業知識，並發展個人運動專長。
1. 培養具備體育運動學科基礎人才
2. 培養具備體育運動術科基礎人才
3. 培養具備運動休閒管理能力之人才
4. 培養各領域體育專業人才
三、碩士班(碩士在職專班)
碩士班的目的在於培養具專業化研究與實務並重之運動科學、運動休閒、運動教育之專業人才，多元化之課程設計，如運動科學組學習運動生理、運動力學、心理學、全人健康及高齡健康促進四大領域，運動教育與休閒組學習運動教育、運動休閒管理、高齡運動休閒等三大領域之課程，以提升專業成長，並加強國際學術交流，促進運動科學與休閒教育研究發展，培養各類體育運動產業人才，以滿足社會需求。