系所特色
應用化學系是結合基礎化學之相關知識與實用技術以建立學生良好的化學學識基礎為目標的科系。本系結合教育與產業資源以不同課程及實驗培養學生獨立思考、注重專業技術之養成訓練，使其具備跨領域之能力。本系研究結合當代科技及產業發展趨勢，著重於對材料、生物、醫藥、農業及能源等相關物質之合成、分析、感測及特性研究。
本系教師研究方向包括醫、農藥物之合成、材料合成、分析化學與生物化學。在基礎授課分流之外亦邀請相關業界具多年實務經驗之專家蒞校傳授經驗，介紹產業應用技術發展現況，縮短學用落差。本系鼓勵學生申請科技部大專生專題研究計畫或加入老師研究室修習專題研究課程，加強學生的實做與解決問題的能力。本系為雲嘉南地區之科普教育重點系所。負責活化科學教育，將尖端科技研發成果融入科普活動中，設計新穎、有趣、易懂之實驗。例行性的舉辦科普種子教師培訓、負責發展本區國高中科學闖關活動及舉辦國高中科學營活動。
課程規劃
本系教學將循序漸進的培養學生之基礎學科，包括有機化學、無機化學、物理化學、分析化學、生物化學及相關實驗課程。進階化學課程則以生物材料與化學材料之相關學科為核心課程。同時著重學生實務經驗之養成，使其具有實際解決問題的能力。
師資陣容與設備
本系師資陣容堅強，現有專任教師15位，專案教師4位，皆具備博士學位。針對系所發展本系將再增聘相關領域之學者任教。 這些教室進行最尖端之科學研究，每年發表數十篇論文於國際 SCI 期刊上，成果獲國際肯定。研究領域包括奈米及量子點之研發及應用、超微量檢測之研發及應用、尖端有機無機合成技術之開發、理論計算化學及材料化學之研發及應用、先進化學生物學之研發、醫藥生農製劑及光電高分子材料之合成及檢測等。
本系並擁有多種重要設備包括超導核磁共振儀、液相層析串聯質譜儀、氣相層析質譜儀、傅立葉轉換紅外線光譜儀、雷射光譜系統、拉曼光譜儀、X光繞射儀、螢光光譜儀、紫外光-可見光光譜儀以及原子吸收光譜儀及其他設備供教學與研究使用。
發展方向
本系發展重點包括醫療及農業用藥物合成、高分子及奈米材料合成、無機合成、化學生物分析及檢測、基因及蛋白質工程、環境污染防治等。目前本系進行中之研究計畫包括蛋白質工程、巨分子光譜分析、生物奈米、各種生理活性物質之分子性質、化學反應及其分析方法建立。另亦成立毒物研究中心，與大林慈濟醫院合作進行毒物化學之研究。簡言之，基於將化學知識應用於各種領域上之理念，本系將與更多各類工、農、醫業合作，進一步開發新科技。近期李瑜章教授研究新穎箭毒蛙生物鹼抗阿茲海默症之成果亮眼，媒體踴躍報導此一重大突破。
在校學習
本系教學重點在加強學生基礎化學並將之應用於生物醫學奈米材料及環境化學之上，故本系學生在就業及深造上皆有極佳之機會與發展。於化學領域本身之產業及學術研究有極佳之發展外，亦可於生物醫學技術、材料技術（奈米材料、光電半導體材料、精密陶磁等），環境污染防治技術等相關化學應用技術產業及學術研究上發揮所長。由於本系教學嚴謹、研究成果豐碩，獲科技部補助之研發經費與學生獎學金居全校之冠，加上其他部會及產學合作計畫，研究經費充裕，學生能受最好之訓練，其研究成果皆發表於國際知名期刊。此外，每學期均有許多師生獲公費補助赴歐美、日本等地發表研究成果。
就業與發展
本系基礎及實務課程訓練嚴謹紮實，對學生學習要求嚴格，更重視實作之成效。所以本系成立時間雖短，但畢業生已在化工、光電、製藥、高分子、生醫產業及在國內外著名大學之研發上皆有傑出表現。。培育之學生即能進入相關領域深造或服務；更可至相關之材料、生物、光電或傳統高科技產業就職；此外，亦可成為中學或大學教師。目前大學畢業生約65%甄試或考試進入國內頂尖大學研究所繼續攻讀碩士，部分畢業生就業以材料、光電半導體、分析檢測及製藥產業為主。碩/博班畢業生多進入科技公司、特用化學品公司、或財團法人研究機構就業，繼續特用化材的開發、綠色農藥與藥品中間物的合成及分析技術之研究開發。
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