1、前身為國立嘉義師範學院數理教育學系，原分為數學教育組與自然科學教育組，後改為數學教育系與自然科學教育系，招收二屆後，適逢89學年度嘉義師範學院與嘉義技術學院合併，停招大學部，改為數學教育研究所與科學教育研究所碩士班，各招收15名研究生。
2、自89學年度至98學年度數學教育研究所與科學教育研究所共招收10屆研究生。
3、為配合教育部獨立所7位師資員額之規定，99學年度數學教育研究所與科學教育研 究所整併為數理教育研究所，分為數學教育組與科學教育組，由劉祥通教授擔任 第一任所長職務。
4、99學年度數理教育研究成立之初，師資由原數學教育研究所3名教師，及科學教育研究所3名教師，共6名師資組成。
5、99學年度第2學期（100年2月）增聘一位數位資訊專長教師，符合獨立所7位師資員額之規定。
6、99學年度數學教育組與科學教育組各招收15名研究生。
7、配合師範學院員額調整，100學年度起數學教育組與科學教育組各減為招收14名研 究生。
8、103學年度與教育行政與政策發展研究所整併入教育學系，由姚如芬教授擔任召集人。