A.研討會論文
1.王郁欣、蔡樹旺(2004)。國小學童於科學博物館情境之科學相關態度量表編製與效化。。第二十屆科學教育學術研討會論文發表會。高雄：國立高雄師大。
2.林文龍、蔡樹旺(2004)。中學生對天氣預報常識之認知調查研究。第二十屆科學教育學術研討會論文發表會。高雄：國立高雄師大。
3.施皇羽、蔡樹旺(2004)。國小高年級不同學習風格學童其科學實驗活動自覺問題解決能力與科學學習成效之關係研究。第二十屆科學教育學術研討會論文發表會。高雄：國立高雄師大。
4.陳俊昌、蔡樹旺（2005）。多媒體對中、低成就國中生補救教學之研究—以「透鏡成像」為例。第二十一屆科學教育學術研討會論文發表會。彰化：國立彰化師大。
5.蔡世宏、蔡樹旺(2006)。電腦化測驗介入動態評量之研究—以「晝夜與四季」概念學習為例。2006數理教學及師資培育研討會。彰化：國立彰化師大。
6.林嘉慶、蔡樹旺、邱順命（2007）。以科學為主軸之社團課程提升參與學生之科學素養及科學能力。第二十三屆科學教育學術研討會論文發表會。高雄：國立高雄師大。
7.古淑鈴、蔡樹旺（2007）。國小自然與生活科技教科書之內容分析研究。第二十三屆科學教育學術研討會論文發表會。高雄：國立高雄師大。
8.范承英、蔡樹旺（2007）。國小六年級學生於概念衝突為基礎之動態評量中概念改變之研究—以聲音概念為例。
9.張若翎、蔡樹旺（2007）。輔以數位科技輔具之動態評量模式對國小中年級學童自然科學學習成效之研究。第二十三屆科學教育學術研討會論文發表會。高雄：國立高雄師大。
10.沈怡伶、蔡樹旺（2007）。國小中、高年級學童學習風格與創造性問題解決能力之研究。第二十三屆科學教育學術研討會論文發表會。高雄：國立高雄師大。
11.陳佩瑩、蔡樹旺（2008）。國小學童對自然科教師教學風格偏好模式之研究。第二十四屆科學教育學術研討會論文發表會。彰化：國立彰化師大。
12.趙玲瑛、蔡樹旺（2008）。影響國小學童科學學習動機模式之研究。第二十四屆科學教育學術研討會論文發表會。彰化：國立彰化師大。
13.黃明福、蔡樹旺（2008）。高中生生物學習興趣量表編製之研究。第二十四屆科學教育學術研討會論文發表會。彰化：國立彰化師大。
14.洪彰懋、蔡樹旺（2009）。國中生自然科學習態度、學習困擾與學習成就相關之研究。第二十五屆科學教育學術研討會論文發表會。台北：國立台灣師大。
1515.葉乃慈、蔡樹旺（2009）。影響國小學童自然與生活科技問題解決能力相關因素之研究。 第二十五屆科學教育學術研討會論文發表會。台北：國立台灣師大。
1616.陳麗君、蔡樹旺（2009）。國小學童科學創造力相關因素之研究。第二十五屆科學教育學術研討會論文發表會。台北：國立台灣師大。
B.專書論文
1.蔡樹旺(民85):國小自然科教師在職進修之需求研究。美國愛荷華大學博士論文。
2.蔡樹旺(民89)，國小兒童大氣壓概念之研究-以示範實驗為工具。國科會研究計畫NSC89-2511-S-023-004。
3.蔡樹旺(民91): 國小兒童浮沈概念生態之研究。國科會研究計畫NSC 90-2511-S-415-003。
4.能力指標依據的教學評量-總論篇。
5.國民小學自然與生活科技教材教法。