嘉義大學農學院目前設有農藝學系、園藝學系、森林暨自然資源學系、木質材料與設計學系、動物科學系、農業生物科技學系、景觀學系及植物醫學系8個學系、1個博士學位學程、1個全英碩士學位學程、1個農學碩士在職專班、1個農場管理進修學士學位學程以及農業推廣中心、園藝技藝中心、動物試驗場3個附屬單位，具有堅實的教學研究基礎，接軌智慧發展的動能，推動永續農業現代化之願景，創造綠色經濟之無限可能。
農藝學系:傳承農專時期務實之優良傳統及田間實務經驗，結合「食農」和「食安」概念，建構成一套循序漸進的作物栽培管理暨優質育種的人才培育計畫。在各類課程中安排相關專家學者、系友或業界專家進行演講及座談，同時安排校外參訪研習活動，經由實際接觸深化激發學生學習潛力。在兼顧生產、生活和生態的永續農業經營理念下，促進地方農業產業文化創新，永續經營及安全農產品的生產發展，並達成地方發展特色及永續農業經營之目標。
園藝學系:座落於國內園藝產業重心的雲嘉南平原，具發展園藝產業的地理優勢，教學研究除配合國內外園藝產業之發展脈動，亦肩負雲嘉南平原地區園藝產業發展之重責，人才培育以園藝產業、育種、園產品處理、生物技術、都市農業、有機農業、造園景觀及植栽維護人才為目標，學生須參加校外實習與完成實務專題研究，並鼓勵師生到業界實習或與國外短期交換生，以配合未來農業發展與社會需求。本系有柑橘、鳳梨、紅龍果、菇類、洋桔梗、蘭花及造園景觀研究團隊，並與政府、研究機構和產業界合作，提供技術、服務與輔導診斷等園藝事業推廣服務。
森林暨自然資源學系:為國內歷史最久之林業專業科系，校友們遍布全臺各林業機關，為臺灣林業與自然保育做出重大的貢獻。課程分為經營、育林、生態三大領域：包括水土保持學、水文學、森林及自然資源經營學、資源遙測學、樹藝學、都市林業、林政學、森林遊樂經營管理、林業試驗設計、水環境污染防治與評估、育林學、森林保護學、林木生理學、遺傳學、森林土壤學、林木菌根、生物多樣性概論、植群調查與分析、樹木學、顯花植物分類學、野生動物學、國家公園經營管理等。健康的森林環境是國家的重要資產，而培養學生成為專業人才，使其具備森林專業知識，認識國家林業政策、保護國土資源、維持環境生態平衡，造福社會是我們的使命與未來。
木質材料與設計學系:主要研究如何善用天然木材資源，在兼顧科技與環保理念下，應用於家具設計製造、造紙技術、保健、生活用品、室內設計裝修、木質創意產品設計製造及室內外建築環境等，著重「木質材料的科學研究與木質產品設計」，以培養綠色科技與設計製造產業人才，並結合固碳、減碳的環保政策，以符合SDGs世界潮流。
動物科學系:教學宗旨為培育理論與實務能力兼具之動物科學專業人才，以期縮小學生畢業進入業界之學用落差。為達此目標，除了課堂上專業知識講授，本學系擁有設施完善之動物試驗場，含乳牛場、肉牛場、羊場、蛋雞舍、肉雞舍、水禽舍及汙水處理廠，可提供學生實習各種經濟動物之飼養管理；本學系也設有動物產品研發推廣中心，學生在此可以學到各種動物產品（如乳、肉、蛋品）之加工製造及檢驗技術。
農業生物科技學系:教學研究著重於整合分子生物、生物技術和農業科技等知識，培育農業生物科技人才。培養學生具生命和農業科學素養，深入的分子生物學和生物技術知識，具有整合生物科技、作物科學、實驗動物和微生物等跨領域能力，並應用生物技術於農業之創意研究。生物技術於農業之應用，包括了植物與微生物之互動關係、動物生理與疫苗的研究、以及綠色/永續環境。並探索生命的構成與奧妙，了解生命的組成與意義，探索遺傳密碼的構造、生命的繁衍、動植物的生理奧秘，想要了解更多嗎?歡迎加入農業生物科技學系的大家庭。
景觀學系:即歐美各國通稱之景觀建築學系(Department of Landscape Architecture)，它是一門高度科技整合之學科，其目的在追求創造人與環境間之和諧，訓練實質環境規劃及設計之長才，使人類的生活環境無論都市或鄉村都能更加舒適化、有機化與綠美化。其相關學科包括環境規劃、生態保育、公園綠地與開放空間設計、遊憩區規劃開發設計、都市設計、庭園設計、建築、土木、園藝、經濟、社會與心理等。其他諸如園藝、生態、建築、都市設計規劃、區域規劃、經濟、社會、土木工程、人類行為與心理等均與其相關。而景觀設計則是綜合運用上述各項專門知識，探討大自然和生活環境，從事實質規劃與設計工作，期以創造人類與自然環境之和諧關係，提升人類生活品質為終極目標。
植物醫學系:本著學術理論與實務並重之原則，以培育具植物病蟲害管理、農林作物健康診療、了解國際植物檢疫業務、開發植物診療技術及保護資材能力之植物醫學人才。本學系教學結合傳統植物醫學及生物技術，並融入臨床植物診療經驗，以堅實植物病蟲害診斷鑑定及檢測能力、融合土壤肥力及作物營養診斷技術、了解植物防疫檢疫相關法令為特色，重點在使學生具備作物健康管理知識，透過合理使用植物保護資材，建構作物安全生產體系，並推動植物醫學之國際交流與互惠，強化學生國際植物醫學互動。
圖1:農藝學系傳承農專時期務實之優良傳統及田間實務經驗。
圖2:園藝學系文心蘭切花採後處理參訪及實作。(照片由農學院提供)
圖3:森林暨自然資源學系師生赴美國調查優勝美地冷杉林之森林動態。
圖4:木質材料與設計學系與勤築企業公司簽署合作共創雙贏。
圖5:動物科學系注重實務技術，具完善動物試驗場供學生實習。(照片由農學院提供)
圖6:農業生物科技學系執行農業部農業有機廢棄物回收之減碳永續循環利用，融入教學實作，讓學生可以從中學習實作技術。
圖7: 景觀學系學生淨灘活動處理廢棄蚵棚，將廢竹子進行切割整理再利用。(照片由農學院提供)
圖8:植物醫學系學生於芒果生產田區實際學習病蟲害危害狀況。(照片由農學院提供)
圖9:動物科學系注重實務技術，具完善動物試驗場供學生實習。(照片由農學院提供)