本校校務重大事項由校務會議議決，各項行政措施由行政會議議定，另設有校務發展、教師評審、職員甄審及考績、教師申訴評議、學生申訴評議、學生獎懲、課程規劃、校務基金管理、招生、性別平等教育等委員會討論校務發展及維護教職員工生權益等事項。
本校目前共有師範、人文藝術、管理、農、理工、生命科學及獸醫學院等七個學院， 計有三十九個學系(四十個系組)、四個(全英)碩士學位學程、四十三個碩士班(組)、十四個碩士在職專班(含EMBA)、七個博士班(含ㄧ個博士學位學程)。 支援、服務上述教學單位之行政單位包括教務處、學務處、總務處、研究發展處、國際事務處、產學營運及推廣處、圖書館、電子計算機中心、環境保護及安全管理中心、秘書室、體育室、主計室、人事室等十三個行政單位。教職員工共計八百五十餘人。
除此之外，其他附屬行政單位尚有統籌全校教育學程的師資培育中心，以及語言中心、人文藝術中心、農業推廣中心、動物試驗場、園藝技藝中心、生物機電實習工廠、動物醫院等八個單位；另任務編組校屬中心計有：農產品驗證中心、智慧農業研究中心、食農產業菁英教研中心；隸屬於各學院、系所的教學服務中心計有：特殊教育中心、特殊教育教學研究中心、輔導與諮商學系家庭與社區諮商中心、輔導與諮商學系家庭教育研究中心、臺灣文化研究中心、電子商務研究中心、農企業經營管理研究中心、高齡管理研中心、動物產品研發推廣中心、木質材料與設計學系木材利用工廠、數位資訊中心、土木防災研究中心、自動化研究中心、土木與水資源工程學系水工與材料試驗場、產業推廣委員會、檢驗分析及技術推廣服務中心、微生物免疫與生物藥學系中草藥暨微生物利用發展中心、生物資源學系生物多樣性中心、食品科學系食品加工廠、雲嘉南動物疾病診斷中心等。本校組織系統表，詳如 網頁 所示。