本校位於國內園藝產業重心的雲嘉南平原，故本系擁有發展園藝產業的地理優勢，教學研究除配合全國園藝產業之未來發展外，亦肩負雲嘉南地區園藝產業發展之重責，因此教學以培育園藝產業，栽培、育種、園產品處理加工、生物技術及造園景觀規劃之園藝人才為目標，以配合未來農業發展與社會需求。
【本系就業方向】
可參加高等考試、園藝技師高等考試和各項農業有關之特考。亦可自行創業經營園藝產業、種苗和育種公司、園藝中心和花店經營、造園景觀工程、園藝資材研發貿易等，亦可加入民間園藝相關企業、法人團體如農會、園藝產銷協會等。
【本系畢業生升學方向】
可進入國內外園藝學研究所、景觀研究所、生物技術研究所、農學研究所或其他生物相關之研究所就讀。
本校和校外提供獎助學金，獎助成績優良或清寒學生，本系並由農友種苗公司提供留學國外獎助金，鼓勵畢業生出國留學。