本系前身為台灣省立嘉義農林學校於民國37年8月成立園藝科，歷經各階段學校改制，於民國89年成立園藝學系，91年成立園藝學系碩士班，目前爭取成立農學研究所博士班園藝組，以建構完整的園藝學系。本系經歷屆師生悉心努力，教學研究成果斐然，歷屆畢業生表現優異位居各界要職，為本系立下良好根基。
本校座落於北回歸線上，氣候條件介於熱帶和亞熱帶之間，具發展亞熱帶園藝作物之理想區域，因此本系將可發展成為國內亞熱帶園藝研究發展中心，同時加強國際學術交流以提昇研究水準，促進兩岸園藝產業和學術交流。 
園藝學系領域涵蓋果樹、蔬菜、花卉、景觀、園產品處理和加工等各領域，因此課程設計以園藝作物之栽培、景觀規劃與設計、園藝產品處理與加工、生物技術、種苗生產技術為主體，基礎科學有植物科學、遺傳學、園藝作物育種學、統計學、生物化學等相關課程。
