研究室
本系辦公室及教師研究室位於蘭潭校區森林生物多樣性館，依教師個人不同的研究領域，設有研究室：森林經營與規劃研究室、森林微生物研究室、育林技術研究室、林木遺傳及生理研究室、林木菌根研究室、森林水土資源保育研究室、都市林與樹輪研究室、植物生態學研究室、自然資源經濟與政策研究室、樹木學研究室、野生動物生態研究室。
實驗室
本系依照教學所需及教師個人不同的研究領域，分設有幾個主要的實驗室：遙測與森林生態空間科學實驗室、植物解剖及型態學實驗室、林木組織培養實驗室、穿透式及掃描式電子顯微鏡實驗室、腊葉標本室、E化教室、綜合實驗室、顯微鏡教室。
重要設備
本系為配合教學及研究所需，購置有高光譜輻射儀、電射測距儀、無人機(UAV)、ENVI遙測影像處理系統、ArcGIS地理資訊系統、GPS全球定位系統、光合作用測定儀、光合作用分析儀、高效液相層析儀(HPLC)、感應耦合電漿原子發射光譜儀(ICP)、DNA聚合酶連鎖反應裝置、植物恆溫生長箱、穿透式及掃描式電子顯微鏡、電子測距經緯儀、種子冷藏庫等重要設備。
另外在系館後側開闢有教學用育苗網室三座、簡易溫室一座及苗圃四處。本系另在嘉義縣中埔鄉社口村擁有佔地一百餘公頃之實驗林場一處，分為七個林班，植有相思樹、柚木、台灣櫸、台灣光腊樹、烏心石、油桐、青剛櫟及竹類等經濟樹種，有豐富的低海拔植物社會組成及螢火蟲棲地，為每年寒暑假學生戶外教學與林場實習之場所。