宗旨
本學系成立於民國81年8月，以培養國民小學優秀特殊教育老師為目標。課程設計理論與實務並重。除注重專業知識及教學技巧之培訓外，特別重視人文素養及服務理念之涵育。因應國內特殊教育專業人才培育需求，本系於民國90年設立「特殊教育研究所」，招收碩士班學生，以培養優秀特殊教育研究人才為宗旨，是雲嘉地區唯一的特殊教育研究基地。
生涯發展
大學部
1. 擔任小學身心障礙類或資賦優異類教師。
2. 擔任社福機構教師。
3. 擔任大學資源教室輔導老師。
4. 擔任補救教學教師。
碩士班
1. 擔任特殊教育教師。
2. 擔任社福機構教師。
3. 擔任大學資源教室輔導老師。
特色
大學部
(一) 特殊教育專業課程設計包含必修、核心選修和專精選修，因應融合教育發展，納入普通教育教材教法。
(二) 強調理論與實務並重，訂有實務實習辦法，落實教學現場實踐。
(三) 重視學生學習與生活輔導。
(四) 重視學生專業態度的培養。
碩士班
(一) 重視實務課題的探討與特教方案的研究。
(二) 強調研究能力的培養。
(三) 重視學生論文發表能力。
發展目標
(一)成立教師研究社群，加強特殊教育學術研究氣氛。
(二)結合特殊教育中心和特殊教育教學研究中心，推動特殊教育實務。
(三)繼續擴充特殊教育相關之軟硬體設備與設施。
(四)繼續擴充特殊教育圖書期刊及相關資料。
(五)繼續遴聘學有專長者擔任本系教師以提升本學系教學水準。
(六)促進國際合作，遴聘國外學生擔任兼任教師並辦理國際研討會。
(七)籌設博士班，加強特殊教育學術研究風氣。