本碩士在職專班整合原有之農學院農藝學系碩士在職專班、農學院森林暨自然資源學系碩士在職專班，成立農學院農學碩士在職專班，以提供雲嘉南農業區在職大專畢業生完整的進修專業管道。由於目前雲嘉南農業區在職大專畢業生的進修專業管道，只有本校農藝學系及森林暨自然資源學系各設有一個碩士在職專班，為求完整性及教學研究資源有效運用，在本校農學院整合現有碩士在職專班及農學院資源，成立「農學院農學碩士在職專班」，以提升成為全面性的農業在職進修管道，強化雲嘉南農業區在職大專畢業生在職專業進修，增強我國終身學習、在職專業強化之教育方針。
本專班配合現代農業發展趨勢，以二大主軸方向-作物生產與農業環境安全為主軸，並結合雲嘉南在地農業發展需求，訂定本專班方針與特色為：
- 加強農業生產相關技術之研發與應用，充實現代農業生產技術教學設備。
- 積極加強與產業合作，將研發成果轉移農業界。
- 建立學術研究評估及獎勵制度，積極提昇研究質與量。
- 配合雲嘉南農業生產需求及南部農業科學園區之設立，以熱帶、亞熱帶農園藝作物、森林與木質材料設計、動物科學、地景景觀、植物醫學及農業生物科技之學術理論和應用為主要特色。
本專班方針與特色結合本校發展目標，提供雲嘉南地區在農業職場教師及從業人士終身學習的完整進修機會與管道，協助其提升專業素養與技能，並結合國際農業發展趨勢，以培育具國際觀的在地農業高級專業人才，期盼發展雲嘉南在地農業科技，並將我國在地農業特色發展推向國際，創造我國農業發展契機。
本農學院農學碩士在職專班畢業生就業與發展管道主要有：
- 農業研究：可前往中央研究院、農業科學院、國際農業研究機構等從事農業研究及推廣服務工作。
- 農業產銷及管理：可就職於私人種子公司、生產農場、園藝苗圃、景觀計畫、森林與木質材料設計、土木工程顧問公司、建築師事務所、建設公司、環境工程管理公司等機構工作。
- 自行創業：從事農業生產、農業設施、農產管銷、農產進出口、景觀造園、植物健康與安全生產等相關工作。