本校農學院擁有傳統農業學系，且位於台灣主要農業生產地帶的雲嘉南平原，是提供在地農業從業人員終身永續學習最佳學府。目前共有農藝學系、森林暨自然資源學系等2個學系成立碩士在職專班招收進修學制碩士生，提供農業在職人員進修管道。
鑒於農學尚有園藝、木質材料與設計、動物科學、生物農業科技、景觀、植物醫學等，為建立農學高等專業領域在職進修之完整管道，因此自107學年度起停止農藝學系及森林暨自然資源學系碩士在職專班招生，同時在農學院下，由農學院相關系所支援，成立跨農學院系所之「農學院農學碩士在職專班」。
專班簡介
農業是國家安全的基礎，維持民生安定的主要力量；同時農業本身具有三生一體（生產、生活及生態）的特性，對於國家經濟及整體環境，生態平衡扮演極重要的角色。農業教學研究的主要目標在於整合及利用有限資源，提昇農業生產力及競爭力，以創造優質的生活環境。因此提高農業生產科技能力，並結合安全、有機、生態及景觀農業為未來農業研究教學之重點。