沿革與教育目標
民國8年4月：本校創立，校名為「臺灣公立嘉義農林學校」，旨在培養臺灣農業及林業人才。
民國10年4月：易名為「台南州立嘉義農林學校」。
民國34年11月：校名改為「台灣省立嘉義農業職業學校」。
民國40年7月：校名改為「台灣省立嘉義高級農業職業學校」。
民國43年8月：本校被選為示範農校，易名為「台灣省立嘉義示範高級農業職業學校」。
民國54年3月：更名為「台灣省立嘉義農業專科學校」。
民國70年7月：本校奉令改制為「國立嘉義農業專科學校」。
民國76年8月：成立設立五年制專科日間部「植物保護科」。
民國83年7月：「植物保護館」落成啟用。。
民國83年8月：增設立二年制專科進修部「植物保護科」。
民國87年8月：奉准改制為「國立嘉義技術學院」。
民國87年8月：增設立二年制日間部「植物保護技術系」。
民國87年11月：更名為「植物保護系」。
民國89 年2 月：國立嘉義師範學院與國立嘉義技術學院整合成立「國立嘉義大學」。
民國89年：「植物保護系」之五年制專科、進修部二年制專科、進修部大學二年制技術系（89 學年度起停止招生）。
民國93年：「植物保護系」之日間大學二年制技術系（94 學年度起停止招生）。
民國96年：原「植物保護館」更名為「生物資源館」。
民國101年8月：成立設立四年制大學日間部「植物醫學系」，原「農業生物科技研究所大樓」更名為「植物醫學系館」。
民國107年8月：成立設立植物醫學系碩士班。
植物保護科由童伯開教授籌設、創立並兼任第一任系主任。本系以追求培育優秀植物病蟲害診斷及植物醫學科技人才為目標，除研究基礎植物醫學課程外，以結合雲嘉南區各項作物、蔬菜花卉、果樹及森林經濟產業特點，致力於培養學生田間植物疫病蟲害與營養診治的實務經驗、植物檢疫與疫情監控之研究，以及強化安全使用農藥及非農藥資材防治疫病蟲草害之能力，達到植物健康管理與增進國民健康為目標。