本系畢業生可經由各項國家考試，就業於政府植物防疫檢疫機構、藥物毒物試驗所、農業試驗所，或於農園藝、林業有關單位從事植物防疫檢疫、樹木醫生及生態保育之工作；亦可進入私人企業從事生物製劑、農業藥劑、環境衛生用藥、生物技術及植物醫學資源之開發與利用等事業；個人也可經考取證照後，自行創業擔任農藥從業及販售事業人員，以及環境用藥專業技術人員。植物檢疫與防疫是國際貿易通行的重要措施，為保護境內國民及動植物的生命或健康及維護自然生態環境，歐美日等國早已經重視人才之培訓，因此植物醫學專長，不論在國內外進修管道均暢通，同時也有昆蟲、微生物、農化、生物科技及生物相關領域之研究所繼續深造。
