本系大學部課程規劃專業核心必修科目涵蓋普通化學、普通化學實驗、生物學、生物學實驗、微積分、物理學、物理學實驗、有機化學、有機化學實驗、微生物學、微生物學實驗、細菌學、分析化學、分析化學實驗、生物化學、生物化學實驗、天然活性物質、天然活性物質實驗、微生物遺傳學、病毒學、人體生理學、生理學實驗、分子生物學、分子生物學實驗、免疫學、免疫學實驗、微生物生理學、疾病與免疫、細胞生物學、細胞生物學實驗、藥理學、儀器分析等素養。微生物免疫與生物藥學系著重實驗課程之規劃,期望養成學生兼顧理論與應用之平衡發展特色。例如普通化學、生物學、物理學、有機化學、微生物學、分析化學、生物化學、天然活性物質、生理學、分子生物學、免疫學以及細胞生物學等科目,都配合科目講授安排實驗課程,養成學用兼備之優秀學生。為配合專長的進修,開設選修科目例如應用微生物導論、動物生理學、基礎醫學導論、遺傳學、微生物與生物科技、實驗動物學、細胞組織培養技術、分子生物學、細胞組織培養技術實驗、臨床生物化學、臨床生物化學實驗、臨床實驗診斷(上、下)、臨床實驗診斷實習(上、下)、疾病與病毒、生物統計學、生物醫藥產業趨勢、生物技術及實驗、分子檢驗技術、藥用微生物學、專題討論、生命科學專題研究、生理學專論、生物資訊、細胞內訊息傳遞、血液學、真菌學、寄生蟲學、有機合成藥物及活性分析(含實習)、疫苗技術、基礎生物技術及實習、工業微生物學、環境微生物學、病理學概論、微生物生理及醱酵製藥(含實驗)、微生物生態學、流行病學、生物技術法規等供其選讀,使課程具有良好的銜接性。
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