自國立嘉義大學於89年2月正式成立，同年8月成立生命科學院；90年8月，應用微生物學系成立；91年8月，生物藥學研究所成立。微生物與免疫學系/生物醫藥科學研究所自起行政合併運作。95年8月，應用微生物學系申請更名微生物與免疫學系，並增設微生物與免疫學系碩士班。96年8月，生物藥學研究所更名生物醫藥科學研究所。98年1月中草藥暨微生物利用研發中心由生命科學院附設中心，更動為微生物與免疫學系附設中心。98年8月微生物與免疫學研究所併入生物醫藥科學研究所。99學年系所合一及更名為微生物免疫與生物藥學系。
本系所十三位老師分別從美國(3)、日本(1)、瑞典(1)、德國(1)及本國(7)獲得博士學位，依專長分為四個領域：以生物醫學為基礎發展微生物、免疫及生物藥學三項主要領域。利用本系所老師建立之中草藥暨微生物利用研發技術平台，積極推動中草藥的開發及其在動物和細胞功能性評估和微生物感染的防治，提昇本系所在基礎醫學及產學合作的應用研發能力。
本系所現有大學部學生約251位，碩士班學生約33位，培育專精於生物醫藥、免疫學、應用微生物學與分子微生物學之優秀學生，作為日後發展生物技術與生命科學產業之儲備人才。微生物與免疫學系/生物醫藥科學研究所97及98學年度增設「博士班」，雖未獲通過，仍將繼續申請。