¨ 1919.04 本校前身國立嘉義技術學院創立，原名「臺灣省立嘉義農林學校」。
¨ 1957.07 本校前身國立嘉義師範學院創設，建校初期為「台灣省立嘉義師範學校」。
¨ 1999.10.23 國立嘉義技術學院與嘉義師範學院整併為國立嘉義大學一案，成立國立嘉義大學籌備處。
¨ 1999.12.23 生物科技研究所(含分子生物組及應用微生物組)增設案，經教育部審查通過，自89學年度開始招生。
¨ 2000.02.01 國立嘉義大學正式成立。
¨ 2000.08 新設生命科學院。生物科技研究所成立，分設分子生物組及應用微生物組。應用微生物學系增設案，經教育部審查通過，自90學年度開始招生，進行籌備。
¨ 2001.08 應用微生物學系成立。楊玲玲教授兼系主任。
¨ 2001.08 生物藥學研究所增設案，經教育部審查通過，自91學年度開始招生。
¨ 2002.08 生物藥學研究所成立。楊玲玲教授兼所長。
¨ 2003.08 蔡竹固教授兼應用微生物學系系主任。
¨ 2004.05-2005.07 應用微生物學系加入生物科技研究所師資陣容。
¨ 2004.08 蕭文鳳教授兼生物藥學研究所所長。
¨ 校務會議通過「應用微生物學系、生物藥學研究所採系所行政合併運作」。
¨ 2005.08 蔡竹固教授兼生物藥學研究所所長。
¨ 2005.08應用微生物學系加入生物藥學研究所師資陣容。
¨ 2006.08- 應用微生物學系更名微生物與免疫學系，增設碩士班。
¨ -04 微生物與免疫學系、生物藥學研究所接受財團法人高等教育評鑑中心基金會之實地訪評。
¨ 2007.08 生物藥學研究所更名生物醫藥科學研究所。
¨ 2007.08 生物醫藥科學研究所與食品科學系合辦食品科學與生物藥學研究所碩士在職專班。
¨ 財團法人高等教育評鑑中心基金會之系所共同評鑑結果公佈，微生物與免疫學系、生物藥學研究所共同評鑑認可結果：通過。
¨ 2008.08朱紀實副教授兼系主任/所長。
¨ 2010.8.1微生物與免疫學系及生物醫藥科學研究所整併為系所合一，並更名為「微生物免疫與生物藥學系(含碩士班)」
2008.08朱紀實副教授兼系主任/所長。
¨ 2011.08翁炳孫教授兼系主任/所長。
¨ 2014.08陳俊憲教授兼系主任/所長。
2017.08翁博群副教授兼系主任/所長。
2019.08陳立耿副教授兼系主任/所長。
¨ 微生物免疫與生物藥學系接受財團法人高等教育評鑑中心基金會(委託辦理品質保證認可)實地訪評。
¨ 財團法人高等教育評鑑中心基金會之系所鑑結果公佈，微生物免疫與生物藥學系評鑑認可結果：通過；效期3年。
¨ 2022.08王紹鴻副教授兼系主任/所長