基礎課程方面：
安排研究生先修習生物藥學特論、活性天然物化學特論、藥理學特論、藥材鑑定及藥物分析、基礎醫學特論、木本植物資源、生物醫學資訊與生物統計學特論，以奠定從事生物藥學研究領域的基礎根基。
生物藥學特論介紹各類藥物特別是植物、微生物與動物由來之活性成分對生物個體的影響，由廣義生物學觀點來闡述醫藥品在分子、細胞層次的作用，進而瞭解對組織、器官、生理系統的效果，此外，本課程也將介紹藥物作用機轉之研究方法，藥物開發的規範與流程，國內外現行藥物開發之法規與實況，使學生能獲取入門之知識。
活性天然物化學特論是以化學構造之衍生物為分類系統，來教授天然物中有效之主成分的化學構造與藥理活性的相互關係。
藥理學特論則是以各類疾病，研究生可獲得適用於各類疾病之藥品資訊，以為研發相關藥物之參考。
藥材鑑定及藥物分析課程則是教導學生由內部結構、外部型態之鑑定以及如何利用生物技術（切片、PCR…）及儀器(HPLC、UV、GC…)來作藥材內部、外部之形態鑑定。
基礎醫學特論介紹目前臨床上對於疾病治療的方法與藥物，如何利用基礎醫學研究來運用在臨床治療之觀念與可行性探討。
木本植物資源，本課程最大特色乃由植物分類、資源分佈來教導學生對台灣木本植物有所認知，以洞悉本省植物資源之豐富及研究材料、題材之確立。
生物醫學資訊教導如何利用網路資訊，從事生物醫學課題之收集、分析及研究‧課程中包括相關網站資訊之收集，生物醫學網頁之架構，建立特定研究者之網頁環境，及從事研究課題資訊分析等。
生物統計學特論是探討如何設計、取樣、分析、整理與推論生物藥學實驗研究之資料。本課程主要以演講及電腦操作示範方式上課，前部份著重於基本統計學概念之複習，後部份則以線型模式來介紹介紹變方分析、變積分析、複迴歸分析和多變質分析等主題。同學在修習過程中，可學習到正確研究設計及如何使用電腦程式解決統計例題。
專業課程方面：
細胞訊息傳遞：隨著科技之進展，藥物在分子生物學 生化學層次上之作用機序漸次被解明，故開設本課程深入探討藥物對細胞內生化反應之作用與對生物分子之改變方式，有利於將來探討生理活性物質的作用機轉。
免疫藥理學：近年來發現眾多生藥或生理活性物質能提高動物個體之免疫機能，以間接作用方式對抗病原微生物或抑制腫瘤細胞之增殖擴散，故有必要開設免疫藥理學課程，以建立有關此領域之研究基礎。
應用毒理學：使各研究生於其研發各疾病治療藥時，能依其研究對象選擇相關科目，增進研究對象物質之藥理作用的解明。
腫瘤生物學：為研究抗腫瘤生物藥品之研究生而開設之課程。
生物藥劑學特論：探討藥物之動力學與速度論，以決定使用何種劑型與投藥方式，才能使血中藥物濃度達到有效治療濃度，為延長血中有效濃度之時間，更涉及各類徐放性製劑型式的運用，此學問為臨床藥學、治療學所不可或缺的知識。
藥物分析特論：分為兩部份一為藥品分析，利用各種物理與化學反應，來分析鑑定藥品化學結構；二為儀器分析，能教導學生如何操作利用各類先進儀器，以便定性、定量分析藥物或決定藥物之化學構造等。
新藥開發特論：教導學生如何從篩選試驗開始，經藥理毒理實驗、藥物藥效藥物動力實驗、製劑化的改良、動物實驗以至健康人體試驗、臨床治療效果試驗及最後的安全性與有用性的評估，上市後的追蹤評估等一連串的研發過程，奠定研究生從事開發新藥的整體概念。
另一方面，除了具備基礎與專業知識外，本所更在生物藥學應用上開設
生物藥品製造學特論：闡述如何掌握生物藥學、生物藥劑學的基礎理論、基礎知識和技能以及藥物劑型的原理、製備方法和生產工廠，使學生具備劑型及製劑設計、工廠技術設計、質量分析等基本能力。進而培養能夠從事藥物型與製劑的研究開發、藥物製劑的生產、調配和質量控制、醫藥經營管理的高科技人才。
遺傳基因體技術：各種病態動物遺傳基因體之探討，應用於人類重要疾病基因治療及新藥物之研發。
專利法規：介紹專利法規內容，提供有關專利申請辦法，以維護研究者之權益。
研究技術之培訓課程方面：
¨ 有機合成技術：教授如何利用化學合成的方法合成藥材中之有校成分之一門必備知識與技術。
¨ 細胞培養技術：本課程著重介紹動物及植物細胞培養基本設備、技術，以及運用細胞培養技術於基礎生命科學之研究，期未來可廣泛運用於研究細胞的分化、癌化、代謝及老化過程等。
¨ 植物細胞培養技術：對特有之植物種源，經由培養技術達到量產等之技術和知識。
¨ 實驗動物學：介紹動物品系、餵養之方法教導學生在從事動物實驗時應該了解的知識。
¨ 生物技術Ⅰ、Ⅱ(含實習)：旨在訓練如何運用細菌、病毒、細胞、組織之培養技術或利用核酸定序，基因工程、免疫螢光抗體檢測法等之生物技術，以遂行研究。此門技術課程分成Ⅰ、Ⅱ且安排於選修課程，可供研究生選擇修習其所需之技術。
綜合研究能力之培訓方面：
於各學期之課程內設置生物藥學專題討論，研究生依一特定專業主題，蒐集相關文獻資料並整理發表，透過全所師生的討論，掌握世界學術潮流的趨勢，啟迪同學們思考的潛能，養成發現問題並培養其討論與表達之能力。
碩士論文是在各種專長指導教授協助下，從事各種與腫瘤、心血管疾病、免疫疾病、神經內分泌疾病、活性天然物化學、遺傳基因研究等有關的研究，以培訓嫻熟的實驗技術，蘊育其創作的思維，養成其解決問題的能力。