民國89年2月1日，由國立嘉義師範學院與國立嘉義技術學院整合成立國立嘉義大學，擁有蘭潭、民雄、林森、新民四個校區，校地面積約 283公頃，為雲嘉地區最具歷史與規模的大學。嘉義大學的誕生，是地方人士期盼的宿願，也是台灣近幾十年來大學校院首例整合成功的典範。
教育行政與政策發展研究所(以下簡稱本碩士班)成立於2001年，係依據教育部88年12月23日台(88)高(一)字第88162841號函，同意本碩士班進行籌設並於90學年度開始招生，本碩士班沿革如下：
● 民國90年8月於林森校區創立，同時招收第一屆碩士班，首任所長為 李新鄉博士。
● 民國92年8月，開始招收第一屆碩士在職專班，並開辦推廣教育碩士學分班及文教主管與行政人員碩士學分班。
● 民國96年通過財團法人高等教育評鑑中心基金會辦理的第一週期系所評鑑(碩士班、碩士在職專班)。
● 民國97年8月，吳金香博士接任第二任所長。
● 民國98年2月，姜得勝博士接任第三任所長。
● 民國98年8月，黃月純博士擔任第四任所長。
● 民國101年8月，張宇樑博士擔任第五任所長。
● 民國103年8月，王瑞壎博士擔任第一任召集人(與數理所整併入教育系，所長職稱為召集人)。
● 民國105年8月，葉連祺博士擔任第二任召集人。
● 民國108年8月，陳珊華博士擔任第三任召集人。
● 民國110年8月整併為教育學系教育行政與政策發展碩士班，陳珊華博士擔任第一任副主任。
● 民國111年8月，葉連祺博士擔任第二任副主任。
本所目前有專任教師7名，2名借調至教學專業國際碩士學位學程，七位教授皆具有國內外知名大學之博士學位，並各具與本碩士班發展特色相符之學術專長；招收學生分別有碩士班、碩士在職專班2類班制；113學年度目前在學研究生共有碩士班學生30名，碩士在職專班學生45名。