本院配合學校綜合大學之發展，整合生科院內教授的研究專長領域為發展方向。未來發展將重視基礎研究與應用相配合。
本院未來研究重點：本院的研究將以理論之實際應用為主，以配合產業之需求為走向。因應時代潮流趨勢，將現有技術及產品，甚至低價值之產品，轉而研發高附加價值、高經濟價值之高科技產品。本院以人體健康領域（食品科學、微免生物醫藥、分子醫藥）、生物科技領域（分子生物技術、病毒載體技術應用、生化工程、發酵工程、蛋白質基因體）、生態環境領域（生物多樣性、水產生物科學）為研究和發展重點。
生物技術將著重於食品工業、水產養殖、生物資源、中草藥及農業微生物等技術方面的研究。研究重點有中草藥新藥開發、生物農藥之開發、動物疫苗之研發、水產種苗培育、生物反應器之應用及基因轉殖動、植物之開發等。利用目前農業產品之釀造、微生物之醱酵技術，移轉用於部份醫藥或生物合成原料之生產。
生物藥學所之生物技術著重於天然物化學萃取與分析、生物抗癌材料收集與分析、藥物設計、蛋白工程製藥、診斷試劑及中藥科學化的研發。蛋白質工程技術方面將著重生物科技製藥工程蛋白質類產品的開發；例如，蛋白質藥劑（紅血球刺激激素、白血球刺激激素、胰島素、血栓溶解酵素等），疫苗（B-型肝炎），檢驗試劑（單株抗體、生物感應器）及製造合成藥物所需的酵素等。中藥科學化技術則從具有中藥成份的動、植物中萃取其有效物質，以細胞生物學方法及動物實驗模式研究其藥理及藥效，並以現代製藥方法，將有效成份製成中藥新劑型。此外，將以基因遺傳工程的方法，對優良藥用之動植物進行育種和品種改良，以達到中藥量產之目的。以上有效成分及蛋白質的抽取純化、量產方法、活性、結構確定、及適當生產材料與劑型製備為發展生物科技產業所必備的關鍵技術，可以提升我國醫藥生物科技產業之生產技術、增加競爭能力，並且培育產業界所需的高科技人才。