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課程設計之目標在使學生具有深厚的基礎，科學的訓練再配合專業的技能，畢業後可以繼續深造或直接進入職場。因此本系、所學生除生物技術之理論與實驗之課程外，亦接受基礎之農學知識，如作物學及動物生產概論，以期學生能直接進入產業界工作或再深造。本系、所之課程亦含概實驗動物相關領域，以擴充學生之學習領域。
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為遵循申請設立「生物農業科技系」之宗旨與目標，本系積極規劃整合課程架構，包含通識素養(30學分)、系訂必修38學分(農學院共同課程(2學分)、系基礎學程(19學分)、系核心學程(17學分))、選修課程45學分、自由選修15學分，合計共128學分。課程以農業生物科技教學研究為主，強化「分子生物學」之相關課程，同時大幅增加生物技術和分子生物學實驗課。
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生物農業科技的領域，需要扎實的生命科學為基礎，因此大一的課程規劃分為普通植物學與普通動物學，再加實驗課共6學分；加上普通化學與實習、有機化學等基礎的專業課程。為使本系學生具農業相關知識亦將農場實習列為大一必修課程。
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大二的課程主要有生物化學及實習、遺傳學、植物生理學、動物生理學、微生物學及分子生物學等課程。
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大三的課程著重在生物農業科技的運用，因此有生物技術(含1週2小時正課和3小時的實習課)、植物基因轉殖和組織培養(含實習課)、動物基因轉殖和細胞培養(含實習課)、作物育種學、實驗動物等課程。
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大四則提供學生較大的選課空間，使他們可以依據本身的興趣，選擇相關的課程，如:基因體學、蛋白質體學、生物資訊等、或進入老師之研究室進行專題研究；從大一到大四，本課程的內容包含了基礎科目的教學、進階的分子生物學核心課程、到高階的生物技術的運用(如:動、植物基礎理論課程及生物技術之理論與實驗課程)等，訓練學生具動、植物生物技術之理論及應用之基礎理論及應用之操作技術，而大量的實驗課，更是本課程架構的一大特色！
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為遵循申請設立「生物農業科技學系碩士班」之宗旨與目標，研究所學生畢業時需修滿至少30學分，包括碩士論文6學分，專業必修4學分，專業選修20分，而本所學生畢業時，至少須選修滿本所所開專業選修課程至少15學分。
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研究所的課程則以相關之進階分子生物學科為主，如﹕高級分子生物學等；「農業分子生物學特論」和「農業生物技術特論」為本所課程特色，每星期固定邀請國內外學者做2小時深入的演講，經費由教育部「生物及醫學科技人才培育先導型計畫」補助。並且舉行期中和期末考，嚴格督促研究生學習。
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本所研究生招生來源多元，不限定生物科技大學畢業生，以擴大研究生研究領域，但為使研一學生及早進入生物科技領域，都在研一尚未正式入學的7月初先行修習「基因體學及實驗」、「蛋白質體學及實驗」、「生物影像技術及實驗」，帶領研究生近儘早進入生物科技領域。