行政院農業委員會動植物防疫檢疫局與國立嘉義大學的經費補助下，於嘉南平原的中心樞紐嘉義市興建動物疾病診斷中心大樓，並於民國99年9月在學校與本系師生同心協力下，順利完成獸醫學系搬遷工作，於同年12月29日舉辦落成啟用典禮，也代表著動物疾病診斷中心正式對外營運。
動物疾病診斷中心的成立，一方面本著專業、積極的心情服務雲林、嘉義與台南的畜禽養殖戶，二方面更提供本系的師生多樣化的病材，由本系老師的指導下進行經濟動物的疾病診療與病性鑑定，並讓實習經濟動物獸醫師與學生於求學階段可以深入農村與農民面對面溝通的機會，使得專業知識與現場臨床診療做一個完美的結合。雲嘉南地區為台灣畜牧養殖的重鎮，畜牧生產總值占全國45%，因此動物疾病診斷中心與獸醫系全體師生肩負起經濟動物健康的重責大任，融合既有資源及各實驗室診斷技術，以維護畜禽動物健康為目的，診斷及控制產業動物疾病、協助畜牧產業從業人員，提升經濟動物疾病診療品質，進而提昇雲嘉南地區經濟動物之產值。