本校創立於民國8年，原名「台灣公立嘉義農林學校」，簡稱「嘉農」。
民國10年易名「台南州立嘉義農林學校」，初設農、林兩科。民國27年合併為農林科。校址始肇於嘉義市山仔頂，民國27年7月12日遷至嘉義市民生南路。
民國34年11月30日，本校奉令易名為「台灣省立嘉義農業職業學校」。
民國40年7月，教育廳令本校改名為「台灣省立嘉義高級農業職業學校」。
民國41年增設畜牧獸醫科於蘭潭，修業3年。
民國43年7月，復因被選為示範學校，故再易名為「台灣省立嘉義示範高級農業職業學校」。
民國54年3月為配合政府經濟建設，奉令改制為專科學校，易名為「台灣省立嘉義農業專科學校」，設有畜牧獸醫科，招收國中畢業生，修業6年。
民國56年7月畜牧獸醫科奉准分組增設畜牧及獸醫兩組。
民國60年7月為提供嘉雲南地區，農業從業人員在職進修，奉准設立夜間部二專獸醫科，招收高職獸醫科畢業生，修業年限4年。
民國64年獸醫組改為獸醫科。
民國70年7月奉令改制為國立嘉義農業專科學校。
民國86年8月升格為「國立嘉義技術學院」。
民國88年7月因應經濟發展及社會需要奉准改制為四年制日間部獸醫學系，招收高中職畢業學生，修業5年，並停止招收專科部學生。
民國89年停召夜間部二專獸醫科，改招收二技獸醫學系，畢業授與學士學位。
民國89年國立嘉義技術學院與國立嘉義師範學院合併為「國立嘉義大學」，獸醫學系隸屬於農學院，並參與大學聯招，招收高中畢業生，修業年限 5年，畢業時取得獸醫學士學位。
93學年度本系成立研究所碩士班，修業年限二~四年，畢業時取得獸醫學碩士學位。
95學年度停招進修部學士班（僅招收2屆）。
民國99年9月13日因新民校區雲嘉南動物疾病診斷中心大樓落成啟用，系館及動物醫院遷移至新民校區。同時成立雲嘉南動物疾病診斷中心。
民國100年04月22日本系與慈愛動物醫院簽訂產學策略聯盟。
100學年度奉准成立碩士在職專班及招生。
民國100年11月3日本系與全國動物醫院連鎖體系簽訂策略聯盟。
103學年度奉准成立臨床獸醫學碩士班及招生，畢業時取得獸醫學碩士學位 。
107學年度碩士在職專班停招。