本院之前身，溯於1952年臺灣公立嘉義農林學校成立畜牧獸醫科，1965年為配合政府經濟建設，改制為臺灣省立嘉義農業專科學校畜牧獸醫科，1967年畜牧獸醫科分設畜牧和獸醫兩組，1971年畜牧獸醫科獸醫組成立動物醫院，1975年設獸醫科，1999年因應經濟發展及社會需要，改制為國立嘉義技術學院五年制獸醫學系，2000年改制為國立嘉義大學獸醫學系隸屬於農學院，2010年成立雲嘉南動物疾病診斷中心，2012年動物醫院成為農學院附屬二級建制單位。
為達我國獸醫學教育體系一致化，臺灣獸醫師養成教育達國際水準，並與全球獸醫學教育體系同步接軌，積極配合國家獸醫教育改革計畫，提升獸醫學教育與學術研究之貢獻，本校於2016年8月1日奉教育部核准成立獸醫學院，目前所屬系所包含獸醫學系學士班、獸醫學系碩士班與獸醫學系臨床獸醫學碩士班，附屬單位則有動物醫院與動物疾病診斷中心。教學方面以培育優秀臨床獸醫師與獸醫科技人才，致力於獸醫基礎醫學、動物疫病診治、疫情監控研究，強化動物疫病防治能力，增進動物及人類之福祉為目標。 除配合國家經濟建設，培育優秀動物醫學科技研究人才外，亦結合雲嘉南地區畜牧業重鎮，以飼養經濟動物為主，加強動物重要疾病之預防、診斷及控制的研究，尤其疾病的快速診斷及人畜共通傳染病公共衛生方面的研究。賡續致力於動物產品藥物殘留檢驗方法的研究，強化藥物殘留之監控，加強海外重大傳染病、流行病學及致病機制的研究等。
獸醫學院除培養優秀動物醫學人才外，亦持續強化附屬單位之功能，以使整體教學研究更為完善，提昇國內動物醫療與學術研究之實力。